CRISPR insertion ~Mapping~

金曜日、今のラボでポスドクをされていた元メンバーのAさんとZoomをしながら、共同研究のご相談をさせていただいた。今回行いたいのは、ターゲット因子の内在性発現パターンを見るために、タグを付けること。野生型でどの位置に発現しているか確認したい。Aさんはハエ分子生物学のエキスパートで、そのご指導のもとCRISPR-Cas9を使って新しくハエのラインを作る予定。今日はひとまずどの位置にタグを付けるか決めるべく、ターゲット因子の配列をマッピングした。これまで、企業がマッピングした情報をただダウンロードして見ることしかしていなかったので、自分で一からマップを作るのが初めてでとても勉強になった。Fly baseから配列情報をダウンロードして、タンパク質のドメイン情報予測を行って、Snapgeneを使ってその情報を色付けをしていった。教え方がとても優しいし、雑談の中で聞いた考え方やプロジェクトが面白く、私が憧れている研究者像に近い人だと思った。恐らくこれから数回ディスカッションを重ねながらラインを作るのだと思う。